Lo que pasa es que como ya importantes (No se bien los términos, me refiero a que cuando le das a la opción para que salga el color transparentes y traslucido) ya definiste que colores serán y cuando lo exportas y lo vuelves a importar ya están definidos, pues el RMXP ya reconoce el tileset.

Dos cosas, edita el tileset en paint o lo que sea una vez exportado, o haz lo que yo hago, trabaja con tu tileset desde el "escritorio", cada vez que lo quieras modificar lo haces y SOLO LO IMPORTAS si le haces algún cambio que sea del tileset que tienes en el "escritorio" y luego lo vuelves a importar.

No se si ese era el problema, pero al menos eso entendí, si necesitas algo más o no entendí la pregunta, solo explicate y con gusto te ayudo : D

Saludos S96! (No es una pose sexosa? ._.)