No es un error tan aleatorio como pueda parecer. Como han dicho más arriba, lo que ocurre probablemente es que has puesto ahí, sin darte cuenta, un tile en blanco (invisible) que tiene marcada la opción de "bloqueo de paso" (x) en la base de datos. Substituye ese tile en blanco por otro tile en blanco, pero que no tenga marcado el bloqueo de paso (o).

Para editar los movimientos permitidos de los tiles, ve a Herramientas -> Base de datos -> Tile Sets.

Ten en cuenta que, cuando pones tiles uno encima del otro (en distintas capas: 1, 2 y 3), lo que cuenta siempre es el tile de arriba del todo. Así pues, aunque los tiles de las capas 1 y 2 no tengan marcado el bloqueo de paso (o), es decir, sean atravesables, si el tile que pones en la capa 3 sí que bloquea el paso (x), entonces no podrás pasar por ese punto del mapa. Así que lo que debes revisar es la capa superior, la número 3.