Lo primero es bajarte el RPG Maker (versión XP, preferiblemente). Puedes encontrarlo fácilmente por la red.

Ahora, para hacer un RPG de Pokémon tienes que bajarte un motor. Tienes dos opciones principales: Essentials o Whack a Engine.

Aquí te dejo el tema del Whack a Engine, por desgracia no sé nada de dicho motor, por lo que habla con su creador para saber más.

http://wahackforo.com/t-23600/whack-engine

Sobre Essentials. El programa tiene su propia wiki llena hasta los topes de información que te vendrá muy bien... PERO, esta en inglés. Bueno, para empezar te dejo el enlace para descargarlo (personalmente, yo uso la versión 8, no sé como van versiones posteriores, prueba algunas a ver que tal si eso):

Downloads - Pokémon Essentials Wiki

Para información en español lo mejor será que preguntes en este mismo foro.

Dudas de RPG Maker - Foro Whack a Hack!

En este subforo pregunta todas las dudas que te surjan. Y en el siguiente enlace puedes encontrar algunos tutoriales.

Tutoriales RPG Maker - Foro Whack a Hack!

Personalmente te diría que empezarás comprendiendo el mapeo y el uso de tiles y otros recursos tanto gráficos como sonoros y luego pasarás a eventos sencillos antes de meterte de lleno en scripts.