Puedes hacerlo en un script de tipo Escena, de hecho es lo mejor que puedes hacer xD
Una vez que tengas preparado tu menú, ve al script Scene_Map y cambia lo siguiente:

def call_menu
$game_temp.menu_calling = false
$game_player.straighten
$game_map.update
sscene=PokemonMenu_Scene.new
sscreen=PokemonMenu.new(sscene)
sscreen.pbStartPokemonMenu
end


Lo cambiarás por lo correspondiente al menú que hiciste.