Es que el essentials maneja los encuentros de una forma distinta, lo que debes hacer es ir a la carpeta donde tengas el engine, abrir el programa "Editor", esperas a que carguen todos los datos y luego eliges la opción "Set encounter". Esto abrirá una lista con todos los mapas que tengas en tu juego, eliges el mapa que quieres.
Ahora deberás indicar la densidad de pokémon que habrá en tu mapa en cada tipo de terreno (en la hierba, en las cuevas y en el agua).

Luego vas a "New encounter type" y eliges los pokémon que quieres que aparezcan en cada terreno, por ejemplo "Land" que no es más que los pokemon que aparecen en la hierba alta, al meterte ahí verás una lista de pokémon con distintos porcentajes, cambias los pokemon y los porcentajes a tu gusto, guardas y listo.