1 - Sí, ya viene con las Megas introducidas. Lo que no tiene es una animación, la cual puedes introducir en el editor de animaciones siempre que tenga este nombre: "Common:MegaEvolution" (sin comillas)

2- Siempre que el Pokémon enemigo pueda megaevolucionar (tienes que definir la Mega en el script PokemonMultipleForms) y tenga la megapiedra correspondiente equipada, el enemigo megaevolucionará.