ese error con el editor de trainer me paso mucho tiempo, era un error en los scripts del editor... para evitarlo, creaba entrenadores desde el mismo archivo trainers.txt, copiando el formato de los entrenadores ya cargados. pero para resolverlo definitivamente tuve que migrar a otra version del essentials

con lo de los encuentros salvajes pasa lo mismo. sobre lo que decis que genera una lista de bulbasaurs, lo hace por defecto, la idea es que edites esa lista a tu gusto. si no me equivoco, deberías poder editar esa lista.
en el peor de los casos, que no puedas hacerlo, en la misma linea de lo anterior, editalo directamente desde el archivo encounter.txt, copiando el formato de lo que viene por defecto.

sobre el uso de variables y scripts, te recomiendo primero aprender a usar bien el essentials antes de incursionar en esos campos. el uso de interruptores y variables es simple, es solo usarlos y ver que logras con ellos. las variables, por ejemplo, las podes utilizar como interruptores, pero con muchisimas variantes.
pero sobre los scripts, es mucho mas complicado. para hacer algo util, podrias empezar por editar los scripts ya existentes, como traducir algunos textos, cambiar algunos pocos valores y ver qué pasa, pero con MUCHO cuidado.
pero para crear scripts desde cero y hacerlo bien, primero tendrias que leer sobre el paradigma de objetos, despues leerte un libro de rubi y ejercitar mucho y entonces largarte a programar en rgss...

asi que, como consejo, no te apures, tranquilo, primero hacete experto en el uso de essentials. vas a ver que con las herramientas que trae podes hacer muchisimas cosas, no estas tan limitado como parece al principio

cualquier cosa volve a preguntar
saludos