En la página del evento del mini que quieras hacer desaparecer, crea una nueva sin ningún gráfico y en condiciones de aparición activa "Interruptor local A está activado" (o algo así, ahora no tengo el RPG Maker a mano).

Después, cuando quieras hacerlo desaparecer, desde el evento llama a un script tal que así:

pbSetSelfSwitch(X,"A",true)

Donde X es el número del evento al que le quieras activar el interruptor local A.

Evidentemente, puedes cambiar "A" por "B", "C" o "D" dependiendo del interruptor local que quieras activar. También puedes cambiar true por false si quieres desactivarlo.