si me pasas el tileset te lo podría arreglar yo para que no tengas que superponer, ahora si no quieres la única solución que encuentro es esta:

Ya que se varían entre 4x4,3x4,4x3,3x3 siempre si te das cuenta hay 1 o 2 bloques que quedan libres, eso significa que entre cada superposición hay un bloque de diferencia, por lo que superponer es muy fácil, no le veo mayores errores a un tileset así.

Ahora si tu te refieres a que los lados o bordes de los arboles quedan mal, pues eso es culpa del tile en especifico, ya que si uno lo achica o lo trata de ajustar, queda muy feo xD, la solución que le veo es:
no coloques los bordes a menos que sean en los bordes finales, osea cuando ya no sigan mas arboles a los lado.

y como dice [MENTION=24341]Dafting[/MENTION] podrias poner en diagonales que nunca queda feo xD.

Cualquier cosa es muy fácil usar el RPG, pero se necesita ingenio para algunas cosas(pocas de hecho) xD.

Atte:

ApoloD