Te aseguraste que esa parte le asignaste una paleta valida? Si pones un tile estendido con 00 de paleta te lo mostrara el juego como basura, asegurate de asignarle un valor equivalente de x8 a xF, a mi me paso igual pero eso lo soluciona.

EDIT: descomprime tu tileset con agixp y mustralo, que puede se porque sobreeacribiste datos