Lo de exportar/importar es buena idea, desde luego con eso se soluciona :)
Luego como detalle, al minimizar el programa, podria irse a la barra de tareas, para no tenerlo por ahi en medio ^_^

Un par de fallitos que eh visto, para cuando lo mejores lo tengas en cuenta jeje:

Cuando inicias un programa, ya sea por el boton ejecutar o clicando 2 veces directamente, el programa se queda minimizado directamente en vez de salir al frente de la pantalla, al menos eso me pasa a mi, quizas sea yo :S

Y la otra cosa es el fallo de un programa, el YAPE, añadiendolo desde "agregar alternativo" el programa da fallo, si lo añades con el boton "Agregar" si va bien, te comento esto por que hay gente que lo añade en modo alternativo por que no les va por el boton agregar (yo creo que eso es debido a que el programa esta dentro de tanas subcarpetas que no puede procesarlo xD)

Te dejo el LOG del error que me dio, por si sirve de algo y se puede solucionar:

Consulte el final de este mensaje para obtener más detalles sobre cómo invocar a la depuración
Just-In-Time (JIT) en lugar de a este cuadro de diálogo.

************** Texto de la excepción **************
System.NullReferenceException: Referencia a objeto no establecida como instancia de un objeto.
en YAPE.MainForm.SetCommonVals(CommonVals cv)
en YAPE.MainForm.LoadMainConfig()
en YAPE.MainForm.InitOnce()
en YAPE.MainForm.MainFormLoad()
en YAPE.MainForm.MainForm_Load(Object sender, EventArgs e)
en System.Windows.Forms.Form.OnLoad(EventArgs e)
en System.Windows.Forms.Form.OnCreateControl()
en System.Windows.Forms.Control.CreateControl(Boolean fIgnoreVisible)
en System.Windows.Forms.Control.CreateControl()
en System.Windows.Forms.Control.WmShowWindow(Message& m)
en System.Windows.Forms.Control.WndProc(Message& m)
en System.Windows.Forms.ScrollableControl.WndProc(Message& m)
en System.Windows.Forms.ContainerControl.WndProc(Message& m)
en System.Windows.Forms.Form.WmShowWindow(Message& m)
en System.Windows.Forms.Form.WndProc(Message& m)
en System.Windows.Forms.Control.ControlNativeWindow.OnMessage(Message& m)
en System.Windows.Forms.Control.ControlNativeWindow.WndProc(Message& m)
en System.Windows.Forms.NativeWindow.Callback(IntPtr hWnd, Int32 msg, IntPtr wparam, IntPtr lparam)


************** Ensamblados cargados **************
mscorlib
Versión del ensamblado: 2.0.0.0
Versión Win32: 2.0.50727.3053 (netfxsp.050727-3000)
Código base: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.NET/Framework/v2.0.50727/mscorlib.dll
----------------------------------------
YAPE
Versión del ensamblado: 0.9.0.0
Versión Win32: 0.9.0.0
Código base: file:///M:/emuladores/GBA/Rom%20Hacking%20PKM%20(Programas%20y%20Tutos)/Editores%20de%20pokemons%20(Evoluciones%20y%20otros%20aspectos)/YAPE%200.9/YAPE.exe
----------------------------------------
System.Windows.Forms
Versión del ensamblado: 2.0.0.0
Versión Win32: 2.0.50727.3053 (netfxsp.050727-3000)
Código base: file:///C:/WINDOWS/assembly/GAC_MSIL/System.Windows.Forms/2.0.0.0__b77a5c561934e089/System.Windows.Forms.dll
----------------------------------------
System
Versión del ensamblado: 2.0.0.0
Versión Win32: 2.0.50727.3053 (netfxsp.050727-3000)
Código base: file:///C:/WINDOWS/assembly/GAC_MSIL/System/2.0.0.0__b77a5c561934e089/System.dll
----------------------------------------
System.Drawing
Versión del ensamblado: 2.0.0.0
Versión Win32: 2.0.50727.3053 (netfxsp.050727-3000)
Código base: file:///C:/WINDOWS/assembly/GAC_MSIL/System.Drawing/2.0.0.0__b03f5f7f11d50a3a/System.Drawing.dll
----------------------------------------
MappedComboBox
Versión del ensamblado: 1.0.3031.39633
Versión Win32: 1.0.0.0
Código base: file:///M:/emuladores/GBA/Rom%20Hacking%20PKM%20(Programas%20y%20Tutos)/Editores%20de%20pokemons%20(Evoluciones%20y%20otros%20aspectos)/YAPE%200.9/MappedComboBox.DLL
----------------------------------------
ComboListBox
Versión del ensamblado: 1.0.3031.39599
Versión Win32: 1.0.0.0
Código base: file:///M:/emuladores/GBA/Rom%20Hacking%20PKM%20(Programas%20y%20Tutos)/Editores%20de%20pokemons%20(Evoluciones%20y%20otros%20aspectos)/YAPE%200.9/ComboListBox.DLL
----------------------------------------
NumericTextBox
Versión del ensamblado: 1.0.3031.39676
Versión Win32: 1.0.3031.39676
Código base: file:///M:/emuladores/GBA/Rom%20Hacking%20PKM%20(Programas%20y%20Tutos)/Editores%20de%20pokemons%20(Evoluciones%20y%20otros%20aspectos)/YAPE%200.9/NumericTextBox.DLL
----------------------------------------
mscorlib.resources
Versión del ensamblado: 2.0.0.0
Versión Win32: 2.0.50727.3053 (netfxsp.050727-3000)
Código base: file:///C:/WINDOWS/Microsoft.NET/Framework/v2.0.50727/mscorlib.dll
----------------------------------------
System.Windows.Forms.resources
Versión del ensamblado: 2.0.0.0
Versión Win32: 2.0.50727.3053 (netfxsp.050727-3000)
Código base: file:///C:/WINDOWS/assembly/GAC_MSIL/System.Windows.Forms.resources/2.0.0.0_es_b77a5c561934e089/System.Windows.Forms.resources.dll
----------------------------------------

************** Depuración JIT **************
Para habilitar la depuración Just In Time (JIT), el archivo de configuración de esta
aplicación o equipo (machine.config) debe tener el
valor jitDebugging establecido en la sección system.windows.forms.
La aplicación también se debe compilar con la depuración
habilitada

Por ejemplo:

<configuration>
<system.windows.forms jitDebugging="true" />
</configuration>

Cuando esté habilitada la depuración JIT, cualquier excepción no controlada
se enviará al depurador JIT registrado en el equipo
en lugar de controlarlo mediante el cuadro de diálogo.


Tambien estaria poder expandir la ventana un poco, yo soy de poner nombres largos para saber que hace el programa y la ventana al ser estrecha me acorta las descripciones que pongo jeje

Bueno que conste que estos son reportes de pequeños fallos y aportes de ideas constructivas, me se de alguno que no se lo toma bien jaja xDD
Edito:
Otra cosa que estaria bien, ya que el programa es universal (por que se puede añadir todo tipo de programas xD) seria que el programa tuviera opcion de separar por ventanas, es decir, añado por ejemplo 10 programas para romhacking de pokemon, pero luego quiero añadir programas de otro tipo de uso (cual sea), pues cada lista de programas en una lista diferente, para no tener mezclados todos los programas, estaria guapo tambien eh? es una idea vamos jeje

enga chao