A ver, la herramienta está pensada para usar juntamente con sappy, solo sustituye la inserción. No me acuerdo muy bien de como íba eso, pero supongo que hay que pasar el midi por el mid2agb, darle los agb al sappy y insertar los tracks que nos da sappy con SongInserter Advance.

EDIT: Usa raw tracks, que no se si se generan con sappy o GAS...
EDIT2: Coges el midi, se lo das a mid2agb, te da un .s (ASM), y lo compilas en un .o con GAS (GNU ASsembler), que viene incluido en el mid2agb, con devkitpro y también podéis descargar de un tema mio que hay por aquí. El ejecutable normalmente se llama "as" en linux y "as.exe" en windows.