Para poner ese , digamos, comando tienes que agregar un nuevo script y ahi ponerlo, tambien puedes agregar otros botones

if Mouse.mouse_in_area?((x,y,width,height)
if Mouse.click?(1)
$game_system.se_play
($data_system.decision_se)
pbFadeOutIn(99999)
( scene=PokemonPokedexScene.new
screen=PokemonPokedex.new(scene)
screen.pbStartScreen
}
end
end

En este caso tu quieres abrir la pokedex, eso es lo que hace el codigo de arriba, para cambiar la accion borra desde "$game..." hasta el "}" e inserta lo que quieres que haga.

Ahora sobre la batalla "pbWildBattle(X,Y,V,C)" es lo que debes de poner, donde X=Pokemon Y=Nivel V=Algoraroquenosequees C=Escapar si o no.
Sobre esto te recomiendo leer las notas (notes.html) que trae el essentials

PD:No me hagas mucho caso, estoy loco pero te puede servir