Como bien dicen, por el tema de los worldmaps, es mejor Fire Red.
Como Gold dice, el mini puede cambiarse con WBTO (Tutorial de Jota), aunque seguro que es más eficiente hacerlo con ASM (aunque desconozco la forma de hacerlo).
Los pokémons puedes sustituirlos. Agregar nuevos (más allá de los espacios libres) no es tan sencillo...
Y concuerdo con Sayer en que para hacerlo al estilo de NDS, conviene NDS, que ya viene todo insertado y asdf. Pero como quieras xD
¡Mucha suerte!