Tal y como dice Mew2? el límite puede llegar incluso a ser de 32 colores, pero dividos en dos paletas. Por ejemplo, tal y como ha dicho Javi, quieres insertar una casa y ésta tiene 20 colores. Imaginemos que de esos 15 se distribuyen en todo el piso, pero los otros 5 nos van a servir para la puerta.
Entonces para esto crearemos la casa sin puerta por un lado con sus 16 colores (1 recuerda que es el transparente) y lo insertas. Después de esto tomas la puerta con sus 5 colores y la insertas en otra paleta (recuerda no superponer tiles). En este caso, para que cuadre, deberías de hacer en un cuadrado completo o uno de 32 de alto por 16 de alto, al ser una puerta, cuadraría perfectamente, quizás con otros elementos sea mucho más complicado.

Es algo dificil de explicar quizás, pero en caso de no entenderlo dimelo y hago un tutorial de paso.

Saludos!