Vamos por partes xD

1) ¿Te sucede al entrar y salir de las casas? Si es eso, es por la animación. Debes cambiar los tiles afectados en el tileset (en el que exportas para cambiarlos). Normalmente, los tiles que se ponen en la esquina inferior derecha suelen dar estos problemas.

2) El tileset secundario de la ruta no es el mismo que el del pueblo, por eso, al salir de él se cambia el tileset secundarios y, por tanto, sus bloques, deformando así el mapeado del mapa contiguo. Por lo tanto, tienes dos opciones. O bien alejas los bloques que son afectados para que no se vean al cambiar de mapa o pones el mismo tileset secundario en ambos mapas.