¡Hola!
El quiere decir, que al script que quieres desactivado, en la setvar le añadas valor 1.
y al otro script le das al setvar valor 0, entonces cuando se pase el script activado, el otro script (El desactivado) se activaría, entonces cuando pases por el funcionaría.
Espero que lo entiendas, si no, pregunta vale? =D
¡Saludos!