¡Hola!
Puedes empezar por donde quieras, por lo general, yo suelo empezar a insertar los tiles, luego mapeo y por último hago los scripts.
Después añado unos extras como: La portada, intro del profesor, sprites, minis...etc
Para más información para hackear uso:

Para hacer los mapas y insertar tiles: Advance map 1.92
Los scripts: Xse
Buscar offsets libres para los scripts y traducir: Thingy32
Los minis: overwold editor
Sprites/portada y demás cosas: Unlz Gba
Cambiar colores (Paletas): Ape

Creo que es todo, lo más básico y fundamental, pero cada uno puede empezar como quiera.
¡Saludos!