Bueno... a mi juicio...
1) Lo veo difícil, pero no imposible. Yo lo intenté agrandar los minis pero no funcionó al principio. La verdad en el caso de los sprites, ya sea de los pokemon o de los entrenadores, aunque se pudiera... crees que se verían en la pantalla siendo tan grandes?... el juego está diseñado para un tamaño que haga que se vea bien en batalla. Pero puedes repuntear los dibujos para que calcen.
2) Respecto a las demás dudas, yo creo que habría que crear un programa que hiciera que se vieran los pokemon de los colores que tú dices para cuando esté bajo una condición especial (quemado, envenenado, etc). Pero no lo veo muy viable. Por lo demás, hacer que los pokemon "cierren los ojos" cuando se duerman lo dudo, una forma sería en emerald como salen con movimientos editar cada pokemon y hacer que cierre y abra los ojos xd
Pero no creo que se conecte con el efecto de dormido.
Espero te sirva esto. Saludos.