Es que se dio la casualidad que estaba acá xD

Segun tengo entendido, el limite es 16, pero no se si se pueden usar otras paletas, eso depende del tilemap, recuerda que las paletas son de 16 colores, en todo caso, si tiene mas, tendrias que hacer que los diferentes bloques de 8*8 del tileset insertados en el tilemap, tengan distintos numeros de paletas algo asi como funciona el mapa de la region en FR, que el mapa esta en una paleta y el redondito rojo de las ciudades en otra, puedes usar el palett viwer para verificar esas cosas y el map viewer.