Una pregunta rapida para aclarar dudas. ¿Cambiaste las paletas de la portada en APE?
Y si es asi, y se te ve mal, es posible que solo hayas cambiado una paleta.
Te aconsejo que cambies, en APE, las paletas: Intro.groudon y lava groudon.
Cambia las 2 paletas (que aparecen las 2 en los marcadores de APE) por la paleta de tu portada, pon la misma en las 2 direcciones.

Otra cosa puede ser que el tileset que has de meter en la casilla 78 no tenga un cuadro arriba a la izquierda con el color transparente.