Da igual donde las pongas, pero te diré el orden que seguimos algunos rom-hackers:
Pal 0- Opcional.
Pal 1- Opcional.
Pal 2- Árboles, hierba, suelo... etc Suelen ser colores verdes
Pal 3- Montaña, rocas... etc. Suelen ser colores marrones
Pal 4- Agua
Pal 5- Caminos, puertas, arena, etc. Aunque este no suele seguirse, puedes colocar lo que quieras.
Pal 6- A tu elección
Pal 7 - 10- Opcional.
Pal 11-12- Suele ser usada para insertar tiles que no tienen nada que ver en especial o no hay conjunto para este tile, por ejemplo una casa o algún tile para un script de un legendario, escenario especial, etc...
Espero haberte sido de ayuda. Saludos!