En el mapa, se pueden asignar 2 Tilesets, el tileset principal (tileset 1) y el tileset secundario (tileset 2).
El el principal se ponen hierbas, arboles, montañas, cp, mart, agua y esas cosas que aparecen en todos los mapas.
Y en el secundario se ponen casas y decoraciones únicas de la ciudad o ruta, es lo suficientemente grande para insertar una casa.
Creo que tu lo estabas haciendo en el tileset primario.