La razon es que, por ejemplo, si estas en el primer pueblo (que usa un tileset) y pasas directamente a una ruta con otro tileset, al juego no le da tiempo para "cargar" el segundo tileset, entonces directamente no lo carga. Usara el tileset del primer pueblo y quedara todo mal puesto. La solucion para esto es, o bien usar el mismo tileset para ambos lugares, o poner un edificio para pasar de ruta en ruta, como normalmente usa Game Freak:

Creditos a Zelix

Espero haberte ayudado!
Saludos!