La duda 1:

Los sprites que quieras hacer más pequeños tendrás que editarlos en paint (Mejor en paint que photoshop o illustrator, ya que si no, se ve pixelado) Seleccionando el sprite en la casilla seleccionar, una vez seleccionado, click derecho y le das a cambiar de tamaño. Ahí puedes editar la anchura y la altura a 64x 64.
El problema de la paleta de Gliscor, puede ser el siguiente:
Tienes que adaptar las paletas a 16 colores para el rubi/zafiro/esmeralda. Si no, se produce error en el advance sprite editor (Yo también lo uso)
Ten cuidado con eso, porque si fuerzas la sustitución de pokémon con una paleta mayor a 16 te puedes cargar la ROM.
Tu juego se peta cuando atrapas un pokémon (??) porque no le has hecho un hueco en la pokedex, para eso mírate los tutos sobre sustitución y agregación de sprites.

Salu2 y suerte!

Lon