Para remplazar los pokémon lo único que tienes que hacer es utilizar
ULZ o Pokémon sprite editor, siempre y cuando los sprites cumplan los requisitos necesarios, como las paletas y el tamaño (64x 64)
Y para hacer que evolucionen a esos niveles, utiliza YAPE.
Date una vuelta por la zona de tutoriales:
Empezar en Pokémon rom hacking - Wahackpedia
Y por la zona de descargas (Para las herramientas necesarias)
Herramientas de Pokémon rom-hacking GBA | Whack a Hack! - Descarga

Salu2 y suerte.

Lon