Creo que sí hay una forma de colocar la pokedex a nivel nacional desde el comienzo. Deberías revisar algún tuto de ello.
Con respecto a agregar más pokemon, unlz-gba muestra una serie de listas con todos los pokemones (incluyendo todos los Unown), sin embargo, si quieres colocar un nuevo pokemon creo que debes reemplazarlo con uno ya existente y modificar su paleta (por ejemplo colocarlo en el puesto de torchic)... Creo que hay un límite para colocar nuevos pokemones extra además. También hay buenos tutos de ello.
Espero te sirva. Saludos !