Caray, un script complicado. Tendrías que convertir el tren en un minsprite, aunque depende del tamaño del tren. Sobre lo del warp en medio del script, parece mentira que no lo sepas. Es con el comando warp.

warp 0x(banco de mapa) 0x(número de mapa) 0x(warp por el que salir) 0x(coord.x en la que aparecer) 0x(coord.y en la que aparecer)

Para que te salga el tren moviéndose en una épica escena lo tendrías que hacer con ASM si quieres que te quede bien (estilo barco de fire red). Lamentablemente, no podemos ayudarte con el ASM.