La imágen del profesor Birch en Pokémon Ruby nada más es que un sprite, como cualquier otro del juego. Para cambiar cualquier sprite, puedes usar el unLZ.gba (pinchá aquí para descargar, traducida al castellano por Daft).
Infelizmente no hay ni siquiera un tutorial por WAH, pero en la internet puedes encuentrar facilmente un guía para cambios de sprites con unLZ.

Espero haberte ayudado, si tienes alguna mayor duda, decímelo.