Intenta abrir tu Rom con el Advance Map 1.92, si se sigue viendo bien en el programa te sugiero que revises los warps y que estas cargando el juego de 0 (No de un State del VBA)

Gracias Cheve :D Eseo areglo parte del problema

Ese problemame ha pasadp 149174017 de veces.
Cambia el comportamiento tile de los tiles y asegurate que estan todos
en 00 porque si esta en FF pasa lo que te pasa.
Un saludo!

Aun que ya estaba en 00 los a hecho FF y luego 00 y esto ayudo

Estoy muy seguro de que es el comportamiento de los tiles.
En el block editor, al seleccionar un tile, a la derecha del todo te aparecen 2 lugares para poner numeros.
Esos dos deben estar en 00 / 00.
Esto ya lo dijo Acspower, pero yo quiero añadir una cosa mas, por si el problema persiste, es probable que pueda ser del Visual Boy Advance.
Borra el que tienes y descargate uno nuevo. A mi me pasó algo igual, y el único problema era mi emulador.

Esto tambien me ayudo borre el rom y parche otro y ya sale bien:D