Le tienes que asignar una flag al mini de la Pokeball porque si no a la que des un paso re aparecerá.
Lo mismo si quieres hacer desaparecer un legendario tras atraparlo. Suerte ^^

EDIT: Si usas FireRed estas son las que están libres.
Desde la 0x200 hasta la 0x29F

Desde la 0x500 hasta la 0x79F

Desde la 0x1000 hasta la 0x109F