Lo de la obediencia juega solo en caso de que el Pokémon tenga un diferente nº de ID que el del entrenador que lo posee. Por lo tanto, sí, los intercambiados.
La verdad, la única manera que se me ocurre es que no pongas intercambios tan apresuradamente, sino que cuando ya tengas unas 3 medallas. Se debería poder hacer de la manera "real" (editando la rutina de la obediencia o algo así), pero creo que por el momento nadie ha investigado sobre eso.
Suerte :)