Aun no estoy tan avanzado en scripts, pero igual.

Creo que de la manera que debaten queda muy cutre, lo mejor seria basarte como cheve dice en el script de la primera pelea con Azul, donde si te das cuenta en vez de ir al ultimo punto de cura el script sigue.

Entonces, tras perder el script deberia continuar en vez de irte al punto de cura, lo mejor es que al perder llegue la tia de la entrada diciendo X cosa, devolverte tu equipo y regresando al lobby del faro y no como una batalla comun y corriente.

Y sobre los pokemon, pues no estoy seguro pero eso queda en la memoria, lo mas logico seria resetear la memoria donde se almacena ese dato al final del script, dejandola como cuando tenias 6, pero ni idea de en donde se almacena eso (Si fuera GBC modificaria la funcion ASM del Special, pero como no lo ss xD)