Activas una variable o flag antes de la batalla.
Si ganas, desactivala siguiendo el script para que pase cierta cosa.
Si pierdes, se queda activada, y ya en el mapa donde vuelvas tras perder dejale un script de nivel que se active al tener la var activada.

EDITO: Al entrar a un CP se activa esa zona para reaparecer tras la derrota, no sé si tu lo tienes, pero se me ocurre que antes de entrar a la torre pases por uno, tipo Liga Pokémon, y así volverías a él.