En realidad si es 0x3, está comprobando si tiene 3 pokémon en el equipo. El comando countpokemon devuelve el número de pokémon a la variable LASTRESULT, por tanto, tendrás que comparar el valor de la variable con el número que quieras, en este caso 3.

El problema es que el "if" no está bien planteado. Empezando porque 0x0 no es "diferente de", sino "menor que". Para comprobar que sea diferente se utiliza 0x5. Pero es una tontería hacerlo si ya estás comprobando que es igual (si no es igual, evidentemente va a ser diferente).

msgbox @ok 0x6
Countpokemon
Compare LASTRESULT 0x3
if 0x1 goto @battle
If 0x0 goto @nolleva3
(lo que pasa si no llevas los 3 pokes)
end