Veo que básicamente no tienes idea de hacks, no pasa nada xD aquí se viene a aprender, pero no esperes hacerlo en un par de dias, sobre todo teniendo en cuenta la cantidad de cosas que quieres cambiar te hará falta mucha paciencia.

Para la primera pregunta necesitarás cambiar los scripts existentes, desde advance map con un complemento como advance text puedes.

Para la segunda pregunta, no se decirte que programa es el que buscas, pero ten en cuenta algo, la imagen no puede ser una que busques en internet y la metas, un ROM tiene un tamaño que no podrás superar, por lo que tendrás que encontrar imágenes adaptadas y no se si existen de ben 10 para pokemon, seguramente te tocara hacerlas tu mismo o con ayuda de alguien.

A la tercera pregunta ya te han dado un link de scripts :D

Mucha suerte con ese proyecto !