Eso es totalmente normal, lo que debes hacer es buscar la paleta en el visual boy advance y luego obtener la localización concreta en el SNES Pallete Editor. Luego si quieres puedes cambiarla en el mismo programa donde las encontraste o copiar la dirección y cambiarla tranquilamente con APE (yo suelo hacer eso, algunos pensaréis que es una manía pero cambio las paletas con más facilidad de ese modo).

Saludos.