Bueno, dudas de scripts son las que más me gustan... hehe
estás de suerte^^

1)Para quitar los pokémon del equipo, puedes hacerlo de dos formas, una usando ASM, que si no sabes no te recomendaria hacerla, y la otra es usando el script de la guardería, pero a tu estilo, es decir en sí solo copia la sintáxis del script.
(La sintaxis del script, es con un special y el compare LASTRESULT y un par de cosas más...)

2)Eso también se hace con ASM, ya que estárás cargando TODA la información de un mini en otro, y solo se hace cambiando bytes por otros.

3)Removeitem 0xitem 0xcantidad