Quizás sea porque has compilado mal los scripts y hayas sobrescrito algunos datos importantes. Mira, con sólo cambiar un sólo byte que no debas cambiar, lo puede echar todo a perder.

Yo te recomendaría que pusieses uno de los scripts que has compilado, sólo para ver si lo haces mal. Y, sobre el rom, por supuesto, yo lo cambiaría y empezaría de nuevo en otro limpio.