Te responderé con unas pistas, tu tendrás que resolver tus dudas:

1- Fíjate en el ejemplo en que luchas en el museo contra el equipo aqua. (creo que hay mas casos en los que ganas una batalla y el script sigue)

2- Un antiguo user; Ribon creo que era, se dedicaba a investigar estos script raros. Creo que en mas de un sitio subió sus investigaciones, entre ellas, esta de hacer que el script siga incluso después de perder. (creo que solo vale para RF, pero no pierdes nada al provar) (Es en el script en el que Gary puede ganarte)

3- Existe un programa... creo que es A-Trainer, este es el último que ha salido con respecto a trainerbattle.

4- No tengo el conocimiento necesario para ayudarte con esto.

Espero que con esto hagas algo. Recuerda, la mejor forma de aprender, es por uno mismo ;)