Bien, veamos. El título no me parece del todo correcto, pero tampoco me parece incorrecto. Intenta establecer un mejor título en futuras dudas ;D

Respecto a la duda, te voy a pedir un favor. Abre el editor de bloques de advance map, selecciona uno de los bloques del árbol que da problemas y saca una scan de la ventana del border block completa. Creo que el problema ahí. No obstante, también una pregunta ¿Has insertado el árbol (en el tileset) en el lugar donde estaba el árbol original o en otro sitio?

Bueno, eso, creo que con esa imagen podré resolver la duda, aunque no estoy totalmente seguro, quizás sea algo de paletas...