Que yo sepa no hay ningun manual con todos los comandos porque todos los manuales que he encontrado son para principiantes y seria muy confuso decirles todos los comandos a alguien que no sepa nada.
Y en cuanto al equipo de pokemons el script es:
Kernel.pbCreatePokemon
Se puede editar los pokemon en PokemonUtilities del editor en la def CreatePokemon.
Espero haberte ayudado.