Game Maker te va a dar más libertad pero también te va a resultar muchísimo más difícil. Ten en cuenta que Essentials ya te da "hechas" un montón de cosas, un montón de scripts que sirven para hacer lo básico sin comerte la cabeza. En Game Maker existen también engines, pero creo que no hay ninguno de Pokémon tan bueno, o no había en mis tiempos con el programita de marras. Así que tendrías, seguramente, que ponerte a hacer tu proyecto desde cero, sin la base que Essentials te proporcionaría.