Ya varios an respondido pero me gustaria dar mi respuesta...

Game maker no esta destinado a un solo estilo de juegos, es mucho mas amplio y puedes crear juegos incluso en 3D, al ser game maker un programa destinado para crear todo tipo de juegos es un poco mas difícil de manejar, y según lo que yo se, no hay engines de pokemon para game maker, pero si es posible crear un juego de pokemon, en youtube hay tal cual tutorial.

En rpg maker todo es mas limitado en algunos aspectos, pero no es que sea un mal programa, solo es que se enfoca en los juegos tipo rpg, es de fácil uso y muy practico para crear juegos de pokemon, y lo mejor y diferentes engines que lo facilitan aun mas