La diferencia básica es que en Game Maker vas a poder usar un montón de recursos. Quizá te va a costar demasiado hacer un clásico juego de RPG como lo es Pokémon, pero vas a poder variar un poco la jugabilidad a tu gusto. Por ejemplo, yo conozco un muy buen juego en Game Maker en el cual las batallas son dinámicas y no por turnos (es decir, uno controla su Pokémon con los cursores y va atacando con los números. Claramente cada ataque conserva las cualidades originales (No fallar, ser extremadamente impreciso, OHKO en algunos casos, paralizar, envenenar, etc.))

Para que te des una idea:

Si tu proyecto es puramente Pokémon clásico, mejor RPG Maker + Essentials.

Si vas a modificar la jugabilidad un poco, te conviene indagar en RPG Maker y ver cómo se puede hacer en esa base.

Pero si vas a hacer algo que sea RPG pero un engine de batalla completamente diferente (batallas dinámicas, Trading Card Game, engine original en 3D, etc.) te conviene usar Game Maker.