No necesitas cambiar todo el juego para nada. Lo que haces es cargar al principio del juego una única paleta e 256 colores en RAM. Apartir de ahí sñolo tiene que encargarte de borrar los accesos de las rutinas que cargan los datos de las paletas en RAM para que no las toquen. En teoría con eso valdría, pero como no he tenido ni tiempo ni ganas d einvestigar como lo hace el golden sun no está confirmado, pero la respuesta está ahí.
Lo de desprestigiar, lo desprestigio porque literalmente es basura. Algo que te permite tener todas las paletas que quieras (eso sí de sólo 16 colores) pero que no te permite usarlas a tu antojo, no se le puede catalogar como algo más que una ñapa.
Y con lo de cambiar TODO el juego, me parece que te equivocas, pues como ya te he dicho sólo hay que hacer la rutina que carga los 256 colores, modificar la rutina que cambia los minis (esta está completamente investigada con su código y todo, subida por cierto y lo mejor explicada que la pude explicar para que TODOS pudiesen aprender de ella) que sé exactamente que tocar y si hiciese falta la/s rutina/s que se ejecutan al entrar en un mapa y acceden a las paletas en memoria (Creo que con modificar la de los minis sólo basta, pero no me atrevo a afirmarlo). En el peor de los casos habría que mirar cómo guarda la información de los píxeles del mini en memoria, porque para poder acceder a 256 colores necesitará un byte completo y no creo que lo use en este juego.
Como bien dije al principio debuggeando el golden sun tienes el mejor de los ejemplos para poder implementarlo de la mejor manera.