El problema no es que sea una habitación. Dudo mucho que el a-map distinga entre maps.

Yo también tuve ese problema con el ruby, pero desde entonces uso el FR y no tengo problemas con eso, por lo que no te puedo aconsejar mucho, pero intenta, al cambiar las paletas y antes de insertar los tiles, a ir a Palettes > Write palette changes to ROM

Ojo, que esta opción sólo está en el amap 1.92, no en el 1.95

Si no, no se me ocurre nada más, ya que ya no trabajo con RU...

Suerte!