Hola! Mira, una captura quizás ayude a entenderte mejor, pero, al editar un interior (Almenos en R/S/E) debes cambiar el Segundo Tileset y No el primero.

Otra cosa que puede ser, es que al reemplazar los gráficos, éstos no calcen exactamente donde estaban los anteriores, por lo que puedes llegar a necesitar reacomodar los bloques en el editor de bloques de A-Map (La parte izquierda de la ventana que salta al apretar sobre la pieza de rompecabezas ;) )

Salu2!