Mirá, la paleta que te está pidiendoes la misma que crea el animeditor, asi como el a-map crea una paleta al tileset, este programa hace lo mismo, (si son caprichos de LU-HO xD).
La solucion, primero exporta los frames a editar, asi vienen con su paleta original, y allí los editas,
Obiamente que no tenés que cambiar las paletas del frame, eso hacelo antes de exportar.
Entonces, primero editas la paleta de la animacion a editar. Segundo la exportas desde el programa.
La editas la imagen, y luego la podés importar sin problemas.

Saludos!