No se si te funcione así tus Scripts, pero a mí parecer, note que le faltan ciertas cosas, te he marcado en color Verde los cambios q te sugiero en tus Scripts.

#org 0x800FC7
lockall
setvar 0x8003 0x302
msgbox 0x8801530
applymovement 0x17 0x
applymovement 0x18 0x
applymovement MOVE_PLAYER 0x
waitmovement 0x0
msgbox 0x8801557
trainerbattle 0x3 0x1D 0x0 0x880180E
goto 0x
end


'---------------
#org 0x8014CE
setvar 0x8003 0x2
msgbox 0x8801637
callstd 0x2
applymovement MOVE_PLAYER 0x880182B
waitmovement 0x0
msgbox 0x88016DA
callstd 0x2
fanfare 0x13E
waitfanfare
givepokemon 0x42 0x1 0x8B 0x0 0x0 0x0
givepokemon 0x188 0x1 0x8B 0x0 0x0 0x0
applymovement 0x17 0x88017FB
waitmovement 0x0
hidesprite 0x17
applymovement 0x18 0x8801807
waitmovement 0x0
hidesprite 0x18
setflag 0x
setvar 0x5001 0x1
releaseall
end

Sí esto no te ha servido, entonces te recomiendo que revises los Números de Sprite de los minis, en los editores como AM los números de Sprites aparecen en Decimal, fíjate que los que has escrito en los scripts estén en Hexadecimal.

Sí aún así, todavía no funciona el script, revisa si los applymovements son correctos o que no exista algún Script de Nivel aplicandose.

Bueno espero que esto te ayude, Saludos.